包含分子对接教程(2)选择合适的蛋白受体的词条

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第一天上午，背景与理论知识以及工具准备，包括PDB数据库的介绍和使用Pymol的介绍与使用notepad的介绍和使用下午，一般的蛋白配体分子对接讲解，包括对接的相关理论介绍常规的蛋白配体对接以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例第二天虚拟筛选，包括小分子数据库的介绍与下载相关程。

1软件下载获取并安装AutoDock Vina2蛋白及小分子准备提取纯净蛋白单体结构3分子对接设置对接盒子，选择小分子进行对接，保存对接盒子为gpf文件4运行对接盒子使用autogrid工具进行预处理，然后运行对接5设置对接参数使用LamarkianGA参数进行对接6对接结果分析使用AutoDock软件。

定义结合位点对于分子对接至关重要在本教程中，我们首先介绍在受体空腔中寻找结合位点的方法您将使用Discovery Studio Visualizer client打开1kimpdb文件，将蛋白分子定义为受体通过ReceptorLigand InteractionsDefine and Edit Binding Site工具，系统将自动识别9个可能的结合位点并显示在图形视图中每。

ZDOCK凭借其快速傅里叶变换技术，生成结构模型，以ZRANK或ZDOCK分数进行排序，分数越高，表示对接效果越佳而RDOCK则对ZDOCK的结果进行优化，力求找到最接近原生结构的配体位置实战演示牛β胰岛素与CMTII的对接之旅 让我们跟随步骤，一起见证这个过程首先，导入并预处理受体和配体蛋白，移除水分子。

1 核心概念 保持结构不变刚性对接假设蛋白质和小分子在对接过程中结构稳定，不发生变化 寻找最佳结合在保持结构稳定的前提下，刚性对接寻找蛋白质和小分子之间的最佳结合方式和位置2 优势 计算效率高由于假设分子结构稳定，刚性对接简化分子对接教程(2)选择合适的蛋白受体了计算过程，提高了计算效率 适用于快速筛选适合。

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